На веб-сайте Счетной палаты РФ опубликован "Отчет о результатах проверки вопросов финансирования и использования государственной собственности в рамках выполнения Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте". По результатам проверки Счетная палата сделала вывод, что за последнее время ухудшаются показатели деятельности российских железных дорог: снизился пассажирооборот, растет износ основных фондов, уменьшается фактическое наличие подвижного состава ухудшилась безопасность движения, финансовые показатели МПС. За 2001 год чистая прибыль в целом по отрасли составила 10097,6 млн. рублей (на 68,6 % ниже уровня 2000 года), в том числе по основной деятельности железных дорог - 9582,6 млн. рублей (в 3,3 раза ниже уровня 2000 года). За 1 полугодие 2002 года в целом по отрасли образовался убыток в размере 2037,8 млн. рублей (за 1 полугодие 2001 г. прибыль - 7165,6 млн. рублей), в том числе по основной деятельности - убыток 2128,8 млн. рублей (за 1 полугодие 2001 г. прибыль - 10679,9 млн. рублей). Рентабельность по основной деятельности железных дорог имеет тенденцию к снижению: в 2000 году она составляла 26,8%, в 2001 году - 17,7%, в 1 полугодии 2002 года - 10,1%. Основной причиной ухудшения финансовых результатов Счетная палата считает опережение темпов роста расходов над темпами роста доходов. Так, по основной деятельности железных дорог в 2001 году рост расходов составил 40,0 %, доходов - 29,9 %, в 1 полугодии 2002 г. - 46,5 % и 34,7 %, соответственно. В 1 полугодии 2002 года снизилась кредиторская задолженность и выросла дебиторская задолженность. По состоянию на 1 июля 2002 г. кредиторская задолженность в целом по отрасли (154246 млн. рублей) в 2 раза превышала дебиторскую задолженность (75410,6 млн. рублей). В период с 1992 по 2001 годы ежегодный объем инвестиций в отрасль снизился более чем в 3 раза. Программа капитальных вложений федерального железнодорожного транспорта на 2002 год не выполняется: за 9 месяцев ее финансирование составило 46015,4 млн. рублей (40,1 % к плану года), в том числе приобретение подвижного состава и технических средств профинансировано на сумму 6551,2 млн. рублей (28,5% к плану года).

По мнению Счетной палаты, мероприятия, предусмотренные первым этапом Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте, выполняются несвоевременно и не в полном объеме. Законопроекты по реформированию железнодорожного транспорта были подготовлены с нарушением срока (на 6 месяцев). Вследствие чего, смещаются сроки подготовки и принятия нормативных правовых актов, вытекающих из федеральных законов по структурной реформе, а также подлежащих разработке после создания ОАО "РЖД". Так, не приняты нормативные правовые акты по вопросам разделения функций государственного и хозяйственного управления, недискриминационного доступа к инфраструктуре железнодорожного транспорта пользователей услуг, организации самостоятельных структурных подразделений для осуществления отдельных видов предпринимательской деятельности в рамках создаваемого ОАО "РЖД" и введение раздельного учета по ним. Анализ разработанных МПС России проектов нормативных правовых актов по вопросу разделения функций государственного регулирования и хозяйственного управления показал, что распределение функций по уровням управления, финансово-экономическое взаимодействие между ними и структура ОАО "РЖД" требует дополнительной проработки, существует риск потери управляемости отраслью на этапе разделения функций. На 1 июля 2002 г. кредиторская задолженность по договорным обязательствам в целом по отрасли составила 92795,5 млн. рублей, из нее поставщикам и подрядчикам - 72712,1 млн. рублей, по основной деятельности соответственно: 70925 млн. рублей и 57257,7 млн. рублей. Наличие значительной неурегулированной кредиторской задолженности по договорным обязательствам может привести к одновременному предъявлению кредиторами своих требований и потере активов предприятий отрасли при их реорганизации и создании ОАО "РЖД". В соответствии с Гражданским Кодексом Российской Федерации (статья 60), кредитор реорганизуемого юридического лица вправе потребовать прекращения или досрочного исполнения обязательства, должником по которому является это юридическое лицо, и возмещения убытков. Проведенная по состоянию на 31 декабря 2001 г. инвентаризация имущества и обязательств предприятий и организаций федерального железнодорожного транспорта не достигла целей, определенных первым этапом Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте, так как не отражает реальной стоимости имущества. Не проведена оценка технического состояния имущества предприятий, данные инвентаризации устарели и не могут быть использованы для составления передаточных актов при создании ОАО "РЖД". Результаты инвентаризации не утверждены. Сумма обязательств, полученная по результатам инвентаризации (более 179 млрд. рублей), значительно превышает сумму обязательств, отраженную в сводном бухгалтерском балансе МПС России (166 млрд. рублей). Не проведена в полном объеме инвентаризация земельных участков и постановка их на кадастровый учет: по состоянию на 1 октября 2002 г. на государственный кадастровый учет поставлено лишь 319,81 тыс. га или 29,7 % всех земельных участков. Аудиторской фирмой ЗАО "Артур Андерсен" проведен аудит консолидированной финансовой отчетности МПС России, подготовленной в соответствии с Международными Стандартами Финансовой Отчетности. Согласно данной отчетности чистый убыток за 2001 год составил 56269 млн. рублей, текущие обязательства МПС России превышают текущие активы по состоянию на 31 декабря 2001 г. на 111509 млн. рублей.

В сфере тарифной политики на железнодорожном транспорте ряд проблем остается нерешенным: сохраняется затратный механизм ценообразования, не создан механизм индексации тарифов, отсутствует долгосрочная государственная тарифная политика, существует несколько тарифных центров и тарифных систем, не создан механизм поддержки пассажирских перевозок, продолжает существовать перекрестное субсидирование пассажирских перевозок за счет грузовых, внутрироссийских за счет экспортных.

За период 1993-1998 годы железными дорогами в различные коммерческие структуры осуществлялись имущественные вклады в виде зданий, сооружений, механизмов, транспортных средств, материальных ценностей, а также передача прав пользования. По состоянию на 1 июля 2002 г. сумма имущественных вкладов составляет более 30 млн. рублей. Имущественные вклады осуществлялись с нарушением законодательства о приватизации. Кроме того, в нарушение п.2 ст. 295 Гражданского кодекса Российской Федерации, принятого 21 октября 1994 г., предприятия вносили недвижимое имущество в качестве вклада в уставный капитал хозяйственных обществ и товариществ без согласия собственника в лице Минимущества России (и его территориальных органов). Доходы, полученные от аренды федерального имущества, не отражались в доходах федерального бюджета. За 2001 год из общих доходов от аренды движимого и недвижимого имущества, полученных МПС России в сумме 2255,19 млн. рублей, в доходах федерального бюджета была отражена сумма 61,9 млн. рублей или 2,7%. Из них 55,7 млн. рублей были направлены на цели дополнительного бюджетного финансирования учреждений МПС России. При этом из федерального бюджета на финансирование конкретных объектов МПС России в составе Федеральной адресной инвестиционной программы в 2001 году было выделено 73,5 млн. рублей.