Парламент Эстонии на внеочередном заседании 20 июня ратифицировал договоры о границах с Россией: за ратификацию проголосовали 78 депутатов, против было подано четыре голоса. Остальные либо воздержались, либо отсутствовали на заседании. Для прохождения закона необходимо было набрать голоса не менее двух третей депутатов или не менее 68 голосов из 101.

Согласно поправке, которую в конечном итоге приняли депутаты, в преамбуле договора отмечено, что парламент, ратифицируя договоры о границе, исходит из провозглашенной 24 февраля 1918 юридической правопреемственности Эстонской Республики, как это отражено в Коституции страны, а также из решения Верховного совета Эстонии от 20 августа 1991 года "О государственной независимости Эстонии" и декларации парламента от 7 октября 1992 года "О восстановлении конституционного государственного строя". Ссылка на эту декларацию была включена в преамбулу договора по предложению оппозиционной партии "Республика".

Таким образом, в новом варианте преамбулы нет прямых ссылок на оккупацию и аннексию Эстонии, однако имеются косвенные - через предложенные для внесения в преамбулу правовые акты.

Согласно договору обе стороны скорректировали пограничную линию, однако в целом она повторила линию границы, определенную в 1944 году. Документ был подписан 18 мая министром иностранных дел РФ Сергеем Лавровым и его эстонским коллегой Урмасом Паэтом.