В состав комиссии вошли 18 человек, 12 представителей общественности и 6 чиновников, в том числе и служащие федеральных ведомств: заместитель начальника Главного Управления исполнения наказания по Санкт-Петербургу и Ленинградской области Валерий Балан, заместитель прокурора Санкт-Петербурга Евгений Шарыгин и заместитель начальника управления министерства юстиции по Петербургу и Ленинградской области Геннадий Резонов.

Вхождение этих государственных служащих в комиссию по помилованию и смутило заместителя генерального прокурора России Владимира Зубрина. Его представитель на процессе заявил следующее:

"Мы считаем, что губернатор возложил на этих служащих ещё одну обязанность. И вопрос: имел ли он право это делать? Федеральная государственная служба находится в ведении Российской Федерации, это ясно следует из статьи 71 Конституции России. Субъект по этим вопросам не может самостоятельно принимать акты, если ему такие полномочия не делегированы. Субъект не может включать в комиссию по помилованию Федеральных государственных служащих. Мы не ставим вопрос о законности всего этого постановления губернатора, ставится вопрос о его частичном несоответствии".

Представитель администрации Санкт-Петербурга Олег Глазков не согласился с такой формулировкой и заметил, что нет закона, запрещающего федеральным государственным служащим принимать участие в каких-либо комиссиях, поэтому протест прокуратуры не обоснован. По его словам, представители прокуратуры и ГУИН были приглашены в комиссию, как частные лица, способные разъяснять членам комиссии некоторые положения содержания заключённых под стражей и другие профессиональные моменты. Олег Глазков попросил у суда заслушать Валерия Балана и Геннадия Резонова в качестве свидетелей, чтобы они могли подтвердить добровольность своего вхождения в состав комиссии. Также судом был отклонён протест по участию в комиссии Евгения Шарыгина, так как он 17 апреля был выведен из её состава. Принять окончательное решение не удалось и следующее заседание суда было назначено на 27 мая.