Правительство Узбекистана включило Индонезию в перечень стран, с которыми подписаны соглашения о торгово-экономическом сотрудничестве с предоставлением режима наибольшего благоприятствования. Об этом сообщил корреспонденту ИА REGNUM Новости источник в правительственных кругах республики. По словам собеседника агентства, Министерство внешних экономических связей, инвестиций и торговли, Министерство финансов и Государственный таможенный комитет Узбекистана 16 ноября приняли соответствующее постановление, которое было зарегистрировано Министерством юстиции Узбекистана 24 ноября 2009 года. Документ вступит силу 4 декабря 2009 года. Он также сообщил, что на данный момент, Узбекистан имеет соглашения о торгово-экономическом сотрудничестве с предоставлением режима наибольшего благоприятствования около 50 странами мира.

По данным МИД республики, Индонезия признала независимость Узбекистана 28 декабря 1991 года. Дипломатические отношения установлены 23 июня 1992 года. Индонезия открыла свое посольство в Ташкенте в 1994 году. Посольство Узбекистана в Джакарте функционирует с 1996 года. В 1992 году состоялся государственный визит президента Узбекистана И.А.Каримова в Индонезию, в ходе которого было принято Совместное коммюнике о взаимоотношениях между двумя государствами, подписано Соглашение об экономическом и техническом сотрудничестве между двумя странами. В 1995 году состоялся ответный визит президента Индонезии Сухарто в Узбекистане. Договорно-правовая база состоит из 9 межправительственных документов, в числе которых об экономическом и техническом сотрудничестве, о поощрении и защите инвестиций, об избежании двойного налогообложения. В 2005 году в Ташкенте был подписан Меморандум о взаимопонимании между МИД Узбекистана и Индонезии об учреждении Комитета по двусторонним консультациям и прошло его первое заседание. Основной статьей узбекского экспорта в Индонезию являются услуги, удельный вес которых в структуре экспорта составляет около 80%. Основными статьями импорта являются оборудование электрическое и механическое, фармацевтические продукты, продукты питания, табак. При Самаркандском институте экономики и сервиса с 2001 года работает Центр изучения индонезийского языка. В Самаркандском Государственном институте мировых языков открыт кабинет индонезийского языка и культуры, в качестве факультативного предмета также изучается индонезийский язык.