Ровно 25 лет назад, в мае 1978 года, по новой железнодорожной ветке в Анапу прибыл первый пассажирский поезд. Тогда же по индивидуальному проекту был построен и железнодорожный вокзал. В 80-90-х гг. ХХ века вокзал функционировал преимущественно в летнее время, в период интенсивного курортного потока.

В 2002 году Министерством путей сообщения РФ было принято решение о том, чтобы часть пассажирских поездов, прибывавших в Новороссийск, направлялась на Анапу, которая летом будет принимать 22 марштрута.

МПС на реконструкцию железнодорожной станции "Анапа" выделяет более 200 млн. рублей. В настоящее время полным ходом ведутся ремонтные работы. Обновляется фасад вокзала, возводится новая платформа на 24 вагона, прокладываются дополнительные железнодорожные пути, строится парк для отстоя поездов.

Кроме реконструкции вокзала будут заменены рельсовые пути на участке Крымск-Анапа, построены дополнительные разъезды в Чеконе и Гостагайке. Скорость движения поездов на этом участке возрастет до 100 километров в час.

К летнему сезону на вокзале откроется дополнительно семь билетных масс, а всего в Анапе будет функционировать более 20 касс, в том числе в крупнейших здравницах курорта.