Контроль качества вод Чебоксарского водохранилища в границах Марий Эл в 2002 году проводится в 5 створах. Как сообщает Управление природных ресурсов по республике, качество вод водохранилища за период наблюдений (1997-2002 г.г.) по всему водостоку сохраняется в основном на уровне "умеренно загрязненных".

Характерной особенностью Чебоксарского водохранилища является то, что здесь резко увеличивается площадь водного зеркала за счет затопления широких пойм самой Волги и ее полноводных притоков - Суры, Ветлуги и Рутки. При этом площади мелководий (с глубинами до двух метров) намного превышают допустимые санитарные нормы, установленные для равнинных водохранилищ. Другой особенностью водохранилища на участке, примыкающем к территории республики, является слабая антропогенная нагрузка (единственным потенциальным источником загрязнения на территории республики являются очистные сооружения канализации г. Козьмодемьянска).

Основная масса загрязнителей поступает на марийский участок водохранилища со стоковыми течениями Волги из Нижегородской области. С увеличением водности экологическая ситуация на водохранилище стабилизируется. Качество воды выравнивается по всему плесовому пространству и почти по всем ингредиентам не превышает в большом объеме установленных нормативов. Качество воды в Сурском створе по сравнению с прошлым годом улучшилось до уровня "умеренно загрязненных" (3 класс).

Воды реки Ветлуги от трансграничного створа до устья в зимний период изменялись от "умеренно загрязненных" (3 класс) до "грязных" (5 класс) из-за высокого содержания железа и марганца. Результаты летних анализов показывают улучшение качества вод до "умеренно загрязненных" (3 класс).