В начале марта 2006 года глава управления паспортно-визовой работы Эркин Арапбаев был задержан сотрудниками СНБ Киргизии в подозрении о злоупотреблении служебным положением. Министр внутренних дел Киргизии Мурат Суталинов 16 марта 2006 года заявил, что Эркин Арапбаев приступил к своим обязанностям и сразу же получил выговор за ситуацию, созданную в паспортной системе республики, сообщает корреспондент ИА REGNUM. Глава киргизского МВД утверждает, что инцидент с задержанием и освобождением его подчиненного так и остался для него тайной. В течение трех дней Эркин Арапбаев содержался в СИЗО СНБ Киргизии, после чего чекисты его освободили. При аресте в кабинете Арапбаева был проведён обыск, во время которого была изъята крупная сумма денег в иностранной валюте и шестьдесят заполненных карточек формы №1, заполняемых при получении паспортов. С самого начала сотрудники киргизской СНБ не давали никакой информации о причине задержания Арапбаева, ссылаясь на тайну следствия, не прокомментировали чекисты и то, почему он был освобожден. Министр внутренних дел Мурат Суталинов считает, что если Арапбаева отпустили, значит он чист. Эркину Арапбаеву дан месяц на исправление ошибок, а если факты коррупции будут выявлены вновь, то он может лишиться своего рабочего поста, которое займет женщина.

Комментируя эту информацию, Эркин Арапбаев сказал: "Наш министр имел ввиду, что мужчины должны заниматься раскрытием преступлений и поддержанием порядка. Как видите - гендерная политика. Он имел ввиду, что если кто плохо будет работать, то этих работников заменят на работников женского пола". Министр Суталинов считает, что Эркин Арапбаев единственный специалист по паспортам, и только он сможет разобраться во всех подводных течениях системы, по которой выдаются гражданские паспорта в Киргизии. Министр Мурат Суталинов заявил: "Сказать, что мой кадр я не могу и не гарантирую, что он хороший. Он просто специалист, который в деле разберется, и сегодня он нам нужен".