Чупалаев был арестован в марте 2002 года в лагере для вынужденных переселенцев в станице Орджоникидзевской (Ингушетия).

Предварительным следствием установлено, что бывший начштаба в 1992 году принимал участие в грузино-абхазском конфликте.

Известно, что именно под руководством Чупалаева начинал свою военную карьеру Шамиль Басаев.

Будучи начальником штаба "центрального фронта", подсудимый принимал участие в разработке и руководстве операции "Джихад", как назвали чеченцы штурм Грозного в августе 1996 года.