В соответствии с государственным планом реформирования Военно-морского флота России, на основании директивы Главного штаба ВМФ России с 1 сентября 2002 года 3-я флотилия подводных сил, базирующаяся в Гаджиево, переформирована в 12-ю эскадру подводных лодок Северного флота.

Во время торжественного построения личного состава, посвященного переформированию штаба 3-й флотилии в управление 12-й эскадры, состоялись церемонии прощания с боевым знаменем объединения и прием "нового" знамени командиром эскадры контр-адмиралом Н.Максимовым.