Цели программы - создание условий для эффективной работы рыбопромышленного комплекса (РПК), расширение ресурсной базы промысла водных биологических ресурсов (ВБР) и создание механизма управления и самоуправления рыбохозяйственной отраслью Сахалинской области.

В числе мер, предлагаемых администрацией Сахалинской области в рамках среднесрочной программы по оптимизации деятельности РПК, создание общественной экологической экспертизы. Ее задачи позволить Сахалинской области в формировании прогноза вылова водно-биологических ресурсов, то есть количества ВБР, которое можно добывать сахалинским рыбопромышленным компаниям, не подрывая ресурсную базу.

Кроме того, Программа "Развитие рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области на период до 2010 года" будет приведена в соответствие с федеральными целевыми Программами "Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на 1996-2005 и до 2010 года" и "Социально-экономическое развитие Курильских островов Сахалинской области (1994-2005 годы)". В рамках этих федеральных целевых Программ будет осуществляться финансирование строительства объектов рыбопромышленной отрасли. На эти средства предполагается строительство рыборазводных заводов, структур по товарному воспроизводству марикультур, восстановление рыбацкой инфраструктуры, прежде всего, порт-ковшей.

Областной программой предусмотрена подготовка предложений по организации промысла в морских охранных зонах. Их цель - вытеснение незаконного промысла. Предложения будут направлены в Госкомрыболовства РФ и в Министерство природных ресурсов. Администрацией Сахалинской области совместно с Ассоциацией "Союз рыболовецких колхозов и предприятий Сахалинской области" будет создан "Совет ассоциаций", который займется созданием действенного механизма по сокращению числа убыточных предприятий рыбопромышленной отрасли. Привлечение "Союза рыболовецких колхозов и предприятий Сахалинской области" в первую очередь связано с крайне тяжелым положением рыбколхозов на территории области. Большая их часть в связи с последними изменениями в законодательстве находится на грани банкротства. Сахалинская область в результате планомерной работы администрации области и рыбопромышленников за последние годы стала лидером в отрасли не только на Дальнем Востоке, но и в Российской Федерации. Постоянный рост налоговых поступлений от добычи и переработки водно-биологических ресурсов, увеличение количества и качества береговых перерабатывающих мощностей и, как следствие, повышение эффективности использования ВБР отмечены правительством РФ. Реализация областной программы по оптимизации деятельности рыбопромышленного комплекса Сахалинской области позволит повысить эффективность использования водно-биологических ресурсов и снизить количество убыточных предприятий на фоне постоянного снижения количества доступных ВБР.