После обсуждения на совещании у президента республики Вячеслава Штырова в третий раз вернулась на доработку программа развития ЯГУ и ЯГСХ на 2002-2006 годы. В предложенном варианте предполагается вложение средств в размере 2 млрд.205 млн. рублей: 1495 млн. на развитие ЯГУ и 722 млн. на развитие ЯГСХ. Но такой вариант не устраивал министерство финансов, которое настаивает на оптимизации численности студентов и расходов на их содержание, а также и президента, который не согласен не только с финансовой частью.

Штыров заявил, что предложенный документ скорее напоминает генплан, чем программу развития университета, а те задачи, которые с самого начала процесса обсуждения ставились президентом, в программе никак не отражены. Президент отметил, что нигде в России нет такого удельного веса бюджетного финансирования на одного студента как в ЯГУ. ЯГУ придется считаться с реальными условиями и переходить на платные услуги. Кроме того, университет должен проводить научно-исследовательские прикладные работы, нацеленные на внедрение в практику.

Также отмечен структурный перекос в подготовке кадров и планировании этого процесса. Выпускники должны отработать вложенные в них государственные средства, сказал президент, соответственно, необходимо возобновить контрактную систему подготовки студентов и разработать свод нормативных документов, закрепляющих за выпускниками рабочие места. Штыров отрицательно воспринял идею всякого рода жилищного строительства для преподавателей и объектов типа бассейнов, но вот строительство машинно-тракторных и торгово-перерабатывающих баз, запланированных ЯГСХ, он одобрил. Он отметил, что в плане привлечения дополнительных источников финансирования сельхозакадемия выгодно отличается предприимчивостью и инициативой.