По информации, размещенной на сайте Генеральной прокуратуры РФ Юрий Пономарев родился в 1962 году в Саратове. Окончил Саратовский юридический институт. В 1986 году сразу после окончания института поступил на службу в прокуратуру одной из воинских частей Челябинской области, где сначала был стажером, а затем помощником прокурора. В разное время работал следователем по особо важным делам, заместителем прокурора военной прокуратуры в Челябинской области, заместителем прокурора Самарской области. Почетный работник прокуратуры Российской Федерации.