Свою историю Бурятская таможня начала с мая 1988 года, когда между двумя великими державами - Соединенными Штатами Америки и Советским Союзом был заключен межправительственный "Договор о разоружении". Тогда была создана Межправительственная комиссия СССР и США по разоружению стратегических вооружений. Контроль за реализацией этого договора осуществляла американская инспекция. Одним из мест дислокации американской инспекции по контролю за разоружением была определена столица Бурятской АССР - г. Улан-Удэ. В связи с реализацией межправительственного соглашения возникла необходимость создания таможенной службы в столице Бурятии.

Как сообщили ИА REGNUM в пресс-службе президента и Правительства РБ, приказом ГУКТК при Совете Министров СССР от 17 мая 1988 г. № 116 была образована Улан-Удэнская таможня. Сотрудники Улан-Удэнской таможни осуществляли оформление и контроль прямых авиарейсов из Соединенных Штатов Америки. Коллектив таможни состоял всего из 10 сотрудников.

Развитие внешнеэкономической деятельности и принятие Совета Министров СССР ряда постановлений по государственному регулированию экономической деятельности, о мерах государственного таможенного контроля стало отправной точкой для формирования новой системы внешнеэкономической деятельности. В марте 1991 года Улан-Удэнская таможня была преобразована в Бурятскую региональную таможню, призванную контролировать работу таможен республики и обеспечивать им практическую помощь.

В настоящее время в Бурятской таможне трудится более 170 человек. В ее структуре 3 таможенных поста: "Улан-Удэнский", "Мондинский", "Гусиноозерский". Основной задачей таможенных органов является защита экономических интересов страны. Таможня обеспечивает доходы, которые составляют более 40% государственного бюджета, борется с преступностью, служит "глазами и ушами" во внешней торговле.