Важной составляющей деятельности таможни является правоохранительная работа. Сотрудниками правоохранительных подразделений Башкортостанской таможни в 2001 году проведено 721 оперативно-поисковое мероприятие, в результате которых возбуждено 21 уголовное дело, задержано и изъято из незаконного оборота средств на общую сумму свыше девяти миллионов рублей.

Также в ходе этих мероприятий работники таможни проверили более 300 справок на вывоз валюты из более чем 20 российских банков, при этом выявлено более десяти фактов предоставления поддельных документов. После проведения аналитической работы таможне удалось задержать более 18,5 тысячи долларов США, вывозившихся с сокрытием или незадекларированных в установленном законом порядке, на посту Аэропорт-Уфа.

Сотрудники таможни во время операции "Пассажир" при досмотре 29 поездов обнаружили 53 нарушения правил. Ими изъято и помещено на склад временного хранения более восьми тонн товаров, а также подобрано более пяти тонн сброшенных с поездов лекарственных препаратов, контрафактной аудио- и видеопродукции и другое.