24 сентября Новгородская областная Дума официально согласилась с назначением Геннадия Бурбулиса представителем администрации Новгородской области в Совете Федерации РФ. Соответствующий указ был подписан губернатором Новгородской области Михаилом Прусаком 18 сентября 2003 года. Единственным депутатом областной Думы, высказавшимся против этого назначения, стал секретарь обкома КПРФ, депутат областной Думы Валерий Гайдым. В своем выступлении В. Гайдым обосновал свою позицию тем, что, по его мнению, назначение губернатором М. Прусаком в Верхнюю палату Российского Парламента Г. Бурбулиса связаны с личными обязательствами губернатора перед ним.

Как заявил далее В. Гайдым, Г. Бурбулис, финансируя различные социально-культурные программы из организованного и возглавляемого им фонда "Культурное наследие Великого Новгорода", использует деньги олигархов. Расплачиваясь за них, впоследствии утверждал секретарь обкома КПРФ, "господин Бурбулис проводит соответствующую политику в Совете Федерации, помогая олигархам открыто противостоять Президенту и продолжать грабить страну". Далее в своем выступлении В. Гайдым указал на то, что Президент РФ Владимир Путин, в отличие от своего предшественника Бориса Ельцина, ближайшим советником которого был Г. Бурбулис, разворачивает работу по ограничению влияния олигархов на руководство нашего государства. "Губернатор Прусак также не раз заявлял в СМИ свое недовольство тем, что страной руководит десяток денежных мешков, а сейчас сам способствует этому" - отметил В. Гайдым. В ответ на это выступление Г. Бурбулис заявил, что главным "олигархом", поддерживающим его, является население Новгородской области.

Г. Бурбулис является представителем администрации Новгородской области в Верхней палате Российского Парламента со 2 ноября 2001 года, как значится в справке о его работе за этот период, предоставленной им депутатам Новгородской областной Думы. За это время коллеги-сенаторы избрали его руководителем комиссии Совета Федерации по методологии реализации конституционных полномочий Совета Федерации. Кроме того, Г. Бурбулис является членом комитетов и комиссий по таким вопросам, как конституционное законодательство, организация парламентской деятельности, информационная политика и контроль за обеспечением деятельности Совета Федерации, а также он включен в постоянный состав делегации Федерального Собрания РФ в парламентской конференции стран Балтийского моря.

В соответствии с законом о порядке формирования Совета Федерации Новгородскую область представляют в нем два сенатора - Михаил Сорокин от имени Новгородской областной Думы и вновь назначенный Геннадий Бурбулис. Каждый из них назначается на срок полномочий соответствующего регионального органа государственной власти.