Наиболее вероятной причиной снижения популяции кильки специалистами указывается проникновение в Каспийское море гребневика-мнемиопсиса и его стремительное распространение. В результате произошло резкое сокращение биомассы зоопланктона и потеря основных пищевых объектов кильки. Кроме того, на состояние запасов водных биоресурсов Каспийского моря стали оказывать влияние и новые факторы: негативное антропогенное воздействие, перегрев верхнего слоя моря.

Сегодня состояние промысла кильки продолжает ухудшаться. Объемы уловов данного вида биоресурсов в 2002 году по сравнению с 1999 годом снизились более чем в 5 раз. В 1999 году она составляла 128 тыс. тонн, 2000 - 101 тыс. тонн, 2001 - 37 тыс. тонн, 2002 - 25 ты. тонн. По оценкам ученых сложившаяся ситуация на Каспии по своим масштабам может быть определена как экологическая катастрофа, но до настоящего времени специалисты затрудняются с точными прогнозами состояния килечного промысла в Волго-Каспийском бассейне. Падение численности кильки неизбежно ведет к снижению промысловых запасов хищной сельди, осетровых видов и каспийского тюленя, сообщило РИА "Аверс".

В настоящее время структуру уловов кильки на 90% составляют старшевозрастные группы. К концу 2003 года эти группы начнут выходить из промысла, а пополнения запасов не ожидается. Общие допустимые уловы кильки по Астраханской области на 2004 год прогнозируются на уровне 10 тыс. тонн, что ниже уровня квот 1999 года в 8 раз.

Рыбопромысловая деятельность по добыче кильки в Каспийском море всегда характеризовалась достаточно высокой уязвимостью в связи с биологическими особенностями этого вида рыб. Применяемый в настоящее время способ лова кильки рыбонасосными установками с использованием электросвета на 90% рассчитан на добычу анчоусовидной кильки, промысловые запасы которой сократились в наибольшей степени. Между тем в структуре запасов в объеме малька значительно возросла доля большеглазой кильки (до 50-60%) и кильки обыкновенной. Применение иных способов лова требует дополнительного финансирования, которое в существующих экономических условиях является проблематичным.

В результате в настоящее время организация вылова кильки рыбодобывающими судами Астраханской области экономически невыгодна. Низкая рентабельность промысла кильки приводит к тому, что судовладельцы вынуждены искать пути перевода флота на другие бассейны - Черное море, Азовское море, Дальний Восток, Мурманск, Балтика, либо использовать добывающие суда в транспортном варианте.

Специалистами Астраханской области предпринимаются значительные усилия по нейтрализации негативных последствий данной кризисной ситуации. В настоящее время ФГУП "КаспНИРХ" успешно осуществлены научно-исследовательские работы по вселению в Каспий гребневика-берое - биологического врага гребневика мнемиопсиса. Следующим этапом проведения данной научно-исследовательской работы будет проверка способности этого вида биоресурсов к размножению в водах Каспийского моря. Учитывая опыт Черного моря, ученые прогнозируют, что достаточно высокую плотность гребневика-берое и его воздействие на гребневик-мнемиопсис можно ожидать через два года после интродукции. Согласно оценке ФГУП "КаспНИРХ", начало восстановления численности кильки в Каспийском море можно прогнозируется только через 4 года.