В Томской области впервые тема создания агломерации, объединяющей Томск, Северск и Томский район, была поднята на одном из собраний облдумы в 2004 году. Тогда руководители муниципальных образований отвергли эту идею. Вновь тема агломерации была поднята три года спустя, в конце 2007 года, когда аналогичные вопросы обсуждались во многих регионах России. 12 декабря 2007 года спикер томской облдумы Борис Мальцев в рамках круглого стола по развитию территорий впервые официально сообщил о создании агломерации "Большой Томск". Тогда идею нового территориального образования с общим населением почти 1 млн человек поддержали муниципалитеты и дума города Томска. В Томске была создана специальная рабочая группа по разработке проекта соглашения между Томском, Северском и Томским районом. Создание агломерации было решено проводить в два этапа. На первом должно произойти объединение муниципальных образований с сохранением всех территориальных границ, а во втором возможно и полное присоединение.

Главный идеолог создания агломерации, спикер томской облдумы Борис Мальцев, комментируя предпосылки создания агломерации, особо отметил маятниковую миграцию населения Северска и Томского района области в Томск - их ежедневные поездки на работу и учебу в областной центр.

В марте 2008 года депутатами областной думы и думы города Томска была поднята проблема "правового бессилия" в вопросе создания агломерации. Суть проблемы состояла в том, что ни в одном из областных законов слово "агломерация" не упомянуто. Устав области позволяет создать агломерацию в форме административно-территориальной единицы, объединяющей несколько муниципальных образований второго уровня. Томская областная дума подтвердила, что при таком подходе агломерация "Большой Томск" получит юридический статус и соответствующие границы без вмешательства в территориальную компетенцию органов местного самоуправления. В это же время специально созданная рабочая группа по разработке проекта соглашения между Томском, Северском начала работу над единым градостроительным документом - схемой территориального планирования агломерации.

Исходя из того, что главной предпосылкой создания агломерации являются постоянные перемещения жителей Томского района и Северска в Томск, первым документом, официально поддерживающим идею создания агломерации, в регионе стала стратегия развития транспортной системы до 2025 года. В документе было особо отмечены изменения в транспортном взаимодействии трех муниципальных образований.

Проект создания агломерации власти региона и Томска начали активно обсуждать со своими коллегами. В частности, в мае в Томск с презентацией агломерации "Иркутск - Ангарск - Шелехов" приезжал президент фонда регионального развития, депутат законодательного собрания Иркутской области Алексей Козьмин. В ходе презентации Козьмин отметил, что города Томск и Иркутск связаны между собой с момента их создания, поэтому одновременное создание агломераций - процесс вполне естественный. "Создание и развитие городских агломераций определяет конкурентоспособность страны в целом. Это естественно: концентрация человеческого капитала осуществляется точечно. Развитие равномерным не бывает, и размазать его тонким слоем по территории всей страны не получится", - отметил Алексей Козьмин.

Согласно опросам общественного мнения, 59% населения будущей агломерации поддерживают идею ее создания. В опросе приняло участие 10 тыс. человек. Однако, несмотря на поддержку идеи агломерации, больше половины участников опроса посчитали, что агломерация нужна не народу, а власти. Опрошенные утверждают, что "подобные проекты составляются элитой, которая не может справиться с территориями в их нынешнем состоянии". Среди плюсов создания агломерации "Большой Томск" опрошенные называют улучшение инвестиционной привлекательности региона (72%), повышение уровня торговли и потребительских услуг (59%), конкурентоспособности и самостоятельности региона (55%). Одним из возможных негативных последствий создания агломерации респонденты называют ухудшение экологической обстановки (63%).

Стоит отметить, что в опубликованном ИА REGNUM опросе о перспективах объединения регионов, мегаполисов, межрегиональных агломераций эксперты не упомянули проект создания "Большого Томска". Эксперты сочли, что в Сибири для наиболее эффективного территориального развития можно сформировать несколько агломераций и объединенных регионов. В их числе объединение Красноярского края с Хакасией (превращение в Красноярский край), Алтайского края с Республикой Алтай (Алтайский край), создание мегаполисов из городов Иркутск - Ангарск - Шелехов (Иркутская область), Новокузнецк - Прокопьевск - Киселёвск (Кемеровская область).