Государственная служба охраны окружающей природной среды МПР РФ считает одним из важнейших направлений своей деятельности в 2003 году координацию всей природоохранной деятельности на озере Байкал. Сегодня МПР РФ осуществляет долевое участие в финансировании строительства очистных сооружений в Байкальске, что способствует внедрению замкнутой системы водообеспечения Байкальского ЦБК. Кроме того, осуществляется долевое участие в финансировании строительства мусороперерабатывающего предприятия в Улан-Удэ, что позволит улучшить экологическую ситуацию в бассейне реки Селенги. В 2003 году должна быть проведена экологическая экспертиза разработанного и согласованного проекта постановления правительства РФ об утверждении границ байкальской природной территории и ее экологических зон. МПР РФ также возобновило традицию подготовки и издания ежегодного доклада о состоянии озера Байкал и мерах, предпринимаемых по его охране, и намерено активнее привлекать общественность к обсуждению проблем региона.